En 1864, quatre-vingt ans après la fin de son combat contre l'école du Ittôryû, Manji, samouraï immortel, mène une vie retirée, loin du tumulte provoqué par l'ouverture du Japon à l'Occident et par la guerre que se livrent les partisans de la restauration de l'empereur et les soutiens du shogunat en place depuis des siècles. Le passé de Manji le rattrape et le mène à Kyoto, où l'attendent la toute-puissante milice du Shinsen-Gumi et une étrange doctoresse maîtrisant les arcanes de l'immortologie.
Dans l'antique capitale, se prépare une valse de sang et de sabres...