Les forces du bien et du mal s'opposent sur de multiples fronts alors que démarre un nouveau cycle! Le quotidien de Casey Jones va de mal en pis à la maison, poussant Raphaël à une dangereuse intervention. Maître Splinter décide donc de donner à ce dernier une nouvelle leçon de savoir-vivre, en lui enseignant les vraies valeurs ninja. Alors que Krang dévoile son plan diabolique, quelque chose s'échappe des laboratoires Stockgen et chasse les tortues, poussant les quatre frères dans leurs derniers retranchements, jusqu'à éprouver leurs limites morales!