Au Japon, une légende urbaine circule, celle d'un mystérieux Ange de la mort qui hanterait les lycées. Cet ange a un nom : Boogiepop. Et la légende n'en est pas une... Alors qu'actes de violences inexpliqués et tentatives de suicide se succèdent, Boogiepop refait surface dans le corps d'un étudiant ordinaire, Takaya Akizuki, pour enquêter sur l'origine de ces pulsations destructrices... Mais le mal qu'ils affrontent ensemble a déjà tué : n'importe quel élève pris de folie peut se retourner contre eux...