A Agharta, le monde des profondeurs, Shun et Shin grandissent dans un paisible village. Mais lorsque son frère décide de faire un voyage sans retour pour le monde d'en haut, la vie de Shun bascule... Envoyé à son tour à la surface pour récupérer le cristal de Clavis nécessaire à la survie de son peuple, il va commencer une quête qui va le mener jusqu'aux plus grands secrets d'Agartha...