Fermement déterminés à libérer les deux derniers esprits des guerriers samouraïs du clan Minamoto, Sakura, Léon et Logan se retrouvent de nouveau projetés dans un Japon du temps passé. Mais alors qu'ils mènent l'enquête, le mystérieux ninja noir se dresse encore une fois sur leur chemin, plus résolu que jamais à les devancer...