En apparence, Shûji et Chise forment un couple de lycéens ordinaires. Ils vivent dans une ville de province épargnée par une guerre hypertechnologique. Chise est introvertie et fragile, tandis que Shûji joue les machos. La jeune fille lui propose de tenir un journal intime et chacun y écrit un jour sur deux. Shûji découvre ainsi celle qu'il commence à aimer. Bien qu'humaine, Chise est habitée par une arme destructrice contre laquelle elle ne peut rien.