Toujours prisonniers du mystérieux manoir, Kyon et Koizumi vont tenter de résoudre une équation qui se présente à eux. Il existe une chance pour qu'ils puissent quitter le monde alternatif et retrouver leur place dans le monde réel si jamais ils arrivaient à en trouver la réponse. Nos deux héros parviendront-ils à revenir dans le monde réel?