Kobato continue sa découverte du monde des humains, toujours accompagnée de sa bouteille magique pleine de "sentiments blessés". Dans cette nouvelle aventure, la jeune fille travaille à la crèche Yomogi de Mme Sayaka lorsqu'elle apprend que la directrice a de graves problèmes d'argent et qu'elle est poursuivie par des créanciers sans scrupules. Heureusement, Kobato s'active pour aider Mme Sayaka et propose d'organiser une kermesse, avec les enfants de la crèche, afin de récolter de l'argent...