Dans les profondeurs de Sidonia, le développement du nouvel hybride, Kanata, entre dans sa phase finale. Mais celui-ci, qui montrait déjà des signes d instabilité, devient soudain incontrôlable et cause des ravages au sein du vaisseau.
La raison d une telle dévastation : une nouvelle arme intégrée à son corps, l émetteur de gravitons. Une arme à la puissance terrifiante, inventée plusieurs centaines d années auparavant par le professeur Ochiai.