Alors que Sidonia menait depuis longtemps une guerre de défense contre les gaunas, l amiral se décide à passer à l offensive pour éradiquer la menace, conforté dans son choix par les progrès fulgurants de Nagate, devenu un véritable héros aux yeux de la population.
Pendant ce temps, la lumière se fait pas à pas autour des expériences étranges d Ochiai, le scientifique dérangé.
Le conflit entre avec fracas dans une nouvelle phase!