Au milieu du siècle dernier, le Japon s'apprête à entrer dans l'ère Meiji, passant sans transition du Moyen Age à l'Industrialisation. Les samouraïs n'ont plus leur place dans cette société moderne où les guerriers sont moins utiles que les commerçants. Kenshin, lui, n'a pas abandonné le port du sabre, mais à lame inversée. Il s'en sert pour venir en aide aux plus faibles, et refuse de tuer. Il aspire à une vie paisible, loin du tumulte de la guerre et du souvenir de ses actes meurtriers. Malgré tout, pourra-t-il faire une croix définitive sur son passé d'assassin?