Une nouvelle année scolaire commence. C'est l'occasion pour Kagemiya, Sen et Akitsu Shû d'intégrer l'académie Karasumori. Officiellement, leur travail consiste à surveiller l'activité du domaine, mais en réalité ils sont réalité ils sont investis d'une autre mission... Sur ces entrefaites, survient un événement singulier: des nuées de papillons noirs envahissent l'établissement et se reproduisent à toute vitesse? Pour s'en débarrasser, les kekkaishi vont unir leurs forces et tenter le tout pour le tout!