Dans le Japon médieval, à l'ère Keian (milieu du XVII siècle), un homme pénètre dans le temple du clan Yagyu pour y subtiliser les chroniques contenant les secrets de l'art de cette lignée de génies du sabre, mais plus important encore des éléments pouvant compromettre le régime Shogunal en place.Le patriarche de la famille charge alors ses deux fils : Jubei et Rokumaru de retrouver l'auteur du forfait afin de déjouer les plans de son commanditaire