Le lycée Cerisiers et Orchidées est un prestigieux établissement d'ordinaire réservé à l'élite. A la recherche d'un endroit calme pour étudier, Haruhi Fujioka, l'unique élève bénéficiant d'une bourse, pousse un jour une porte au hasard... et n'en croit pas ses yeux. La salle de musique n° 3 est en fait réservée au host club, un groupe de six beaux garçons excentriques qui consacrent leur temps à divertir des jeunes Filles.
Haruhi l'ignore encore, mais cette rencontre va bouleverser sa vie au lycée !