Tandis que le SMCC de Nishitokyo travaille à résoudre la querelle qui oppose un hitomoji à sa famille, la série de séismes qui s'est abattue sur le Japon redouble d'intensité ! Les nouvelles capacités de l'anthropamibe ne cessent de se multiplier : scission, sclérote et fusion. Elles fascinent Misaki Tamaru et son équipe qui restent sur le pont pour protéger les victimes du stress engendré par les catastrophes naturelles.
Alors que les agents repoussent leurs limites pour sauver leurs concitoyens, deux questions subsistent... Quelle est l'origine de cette épidémie ? Et surtout, un remède est-il possible ?