Le transporteur spatial militaire, le White Base, avec à son bord des rescapés civils de la colonie Side 7, est dans une situation plus que critique. Alors qu'il se dirige vers la Terre et l'Amérique du sud, ils doivent faire face au redoutable Char, l'as des as des forces de Zeon. Contre lui, ils ne pourront compter que sur l'aide d'Amuro, un jeune garçon manifestement très doué pour piloter le Gundam, un prototype de robots ultra secret aux capacités incroyables.
Abandonné par leur hiérarchie, poursuivi par l'ennemi, l'équipage inexpérimenté du White Base survivra-t-il à toutes les embûches qui se dresseront sur sa route, alors que la rumeur d'un mouvement d'insurrection prend de l'ampleur ?