Au terme du combat à mort contre le Renard à Neuf Queues, qui a engendré la destruction de la moitié de Tokyo et la mort de milliers de gens, Kagura a perdu la mémoire et l'Agence de Lutte Contre les Cataclysmes Surnaturels a été dissoute par le gouvernement.
Même si ses souvenirs sont effacés, la jeune fille continue pourtant de vouloir aider les esprits égarés à trouver le repos. Coïncidence étrange, le jour de la rentrée scolaire, elle fait la connaissance d'Izumi, sosie vivant de Yomi, la jeune fille qu'elle considérait comme sa s'ur avant qu'elle ne soit pervertie par la pierre de Sesshô et, détruite!