Suite à l'arrivée des Autobots et des Decepticons sur Terre, la mystérieuse organisation Cobra monte en puissance et inquiète les autorités. Conrad Hauser, nom de code : Duke, dirige une équipe de forces spéciales connue sous le nom de G.I. Joe pour tenter d'endiguer la menace... mais face à l'énigmatique Cobra Commander qui s'apprête à libérer le pouvoir de l'Energon sur le monde, qui peut bien faire un escadron de gros bras nouvellement formé ?