Aoï Kazuha est tombée au champ d'honneur au cours d'une terrible bataille contre les Nova, des entités surgies d'une autre dimension. Désireux de reprendre le flambeau, son jeune frère, Kazuya vient d'intégrer l'académie "Genetics", l'école où s'entraînent les futurs combattants des unités anti-Nova. C'est là qu'il rencontre Satellizer L Bridget, la "reine intouchable", en qui il croit reconnaître sa soeur décédée. Après des débuts quelque peu houleux. les deux jeunes recrues se rapprochent de plus en plus, mais voilà qu'Ingrid Bernstein, une élève de troisième année, arrive pour défier Satellizer. Un terrible combat s'engage alors...