Abou Dhabi, 2025... La participation de la France dans les affaires internationales a vu la création d'une base militaire stratégique française installée aux Emirats arabes unis à Abou Dhabi où travaillent désormais 6300 personnes. Le Charles de Gaulle et sa Task Force sont basés dans le golfe Persique, au large d'Abou Dhabi et, grâce à leur aviation et à leurs bateaux, rayonnent tout autour avec pour mission de protéger l'acheminement final des pièces de deux réacteurs nucléaires EPR (European Pressuriz Water Reactor) que l'Emirat a commandés à la France et baptisés "Roméo" et "Juliette". Mais le commandant du porte-avions doit affronter une autre situation à son bord: certains membres de son équipage sont frappés de crise de délire et de visions qu'aucun médecin ne parvient à soigner. Baron, Alf et Seiko sont quant à eux chargés de protéger l'uranium transporté par "les messagers de l'atome", c'est-à-dire d'abord les cargos ensuite les camions transportant le combustible nucléaire vers les centrales en construction. Mais l'apparition d'un étrange objet volant et les plans démoniaques du mercenaire Hadès vont compliquer la tâche de nos trois héros, tous candidats pour intégrer la prestigieuse "Flottille 66", dirigée par l'énigmatique et puissant "Mr"...