La guerre entre les forces de Véga et Goldorak est un lointain souvenir. Actarus et sa soeur sont repartis sur Euphor tandis qu'Alcor et Vénusia tentent de mener une vie normale. Mais, des confins de l'espace, surgit le plus puissant des golgoths : l'Hydragon.

Alors que le monstre de l'ultime Division Ruine écrase les armées terriennes, les exigences des derniers représentants de Véga sidèrent la planète : sous peine d'annihilation totale, tous les habitants du Japon ont sept jours pour quitter leur pays et laisser les envahisseurs coloniser l'archipel.

Face à cet ultimatum, il ne reste qu'un dernier espoir... Goldorak.