Shirô a perdu Saber lors de leur combat dans le temple de Ryûdô. Désormais seul, il va demander à Rin Tohsaka de s'allier à lui pour combattre la mystérieuse "ombre" qui continue à sévir dans la ville. Shirô a perdu ses privilèges de maître, mais Rin accepte sa proposition, cependant sous certaines conditions très particulières...