Shinji vit avec son père Gendo et sa mère Yui dans la ville de Tokyo-3. Asuka, son amie d'enfance, vient le chercher chaque matin, ce qui devient le sujet de taquinerie de prédilection de Toji et Kensuké, leurs camarades de classe. Un jour, au retour de l'école, Shinji rencontre une fille mystérieuse, Rei Ayanami. Sa mère lui apprend qu'elle est de sa famille et qu'elle va désormais habiter chez eux... Une nouvelle histoire "écolière" d'Eva commence, avec, comme personnages principaux, Shinji, Rei et Asuka!!