Rebecca a trop de chance ! Non seulement elle est devenue amie avec le légendaire microbe Ernest, mais en plus, son copain l'emmène faire sa rentrée à l'école des microbes ! Bon, le seul micro-souci, c'est cette loi qui interdit à un humain d'en franchir les portes. Mais avec un bon déguisement, tout devrait bien se passer, non ? Il suffit juste que Rebecca fasse profil bas, évite de se bagarrer...
et de réveiller les terreurs qui dorment dans les profondeurs de l'école. Fa-cile ! Ou pas...