Shiki est déterminé à n'abandonner personne malgré le choix cornélien qui se présente à lui. Pour mener à bien son plan, il décide d'utiliser les pouvoirs du Croque-mitemps, entité étrange impossible à contrôler. En face, Edens One et Void amplifient leurs attaques pour détruire l'humanité et empêcher Shiki de mener à bien sa mission. Une multitude d'univers se crée et, 20 000 ans plus tard, les conséquences directes se font ressentir ! Shiki et ses compagnons s'engagent dans cette ultime bataille, le coeur chargé d'émotions !