C'est la troisième rencontre entre Shiki et Drakkhen qui, cette fois, a entrepris de protéger le peuple de Guilst des attaques du Croque-mitemps. La Dame écarlate se lance également dans la bataille pour protéger Sun Jewel. Et Homura retrouve les souvenirs des exploits de son maître, Valkyrie. Shiki et ses amis, espérant que l'univers Zéro est un monde de paix, ont retrouvé Laguna à Cosmos Aoi. Ils affrontent alors l'empereur Shura...
Mais en coulisses, des menaces insondables s'agitent, notamment celles d'un certain savant fou !