Les rencontres se multiplient au coeur de l'univers Zero. Après avoir récupéré Edens Zero, le cuirassé du Grand Démon, et retrouvé leur grande amie Witch... Shiki, Rebecca et Happy rendent visite à leurs compagnons pour reformer petit à petit l'équipage du vaisseau. Cependant, ce monde diffère grandement de celui d'avant. Fort de cette information, Shiki a la ferme intention de se lier d'amitié avec Drakkhen Joe et Poséidon Shura, deux de ses anciens ennemis...
La quête vers Mother est encore semée de nombreux pièges...