Rachel, la mère de Rebecca, est sortie de son long sommeil. Elle annonce un avenir terrifiant : Mother s'apprête à mourir et cela entraînera la fin du genre humain. Afin d'éviter cela, tout l'équipage de l'Edens Zero décide de se rendre pour un voyage sans retour pour le dernier monde, "Univers Zéro" . Le récit reprend là où tout a commencé, à Granbell. Shiki et Rebecca, puis Happy, voilà l'heure des retrouvailles ! Un nouveau départ pour une aventure qui doit leur permettre de sauver le monde !