Avant de prendre la route qui les conduira vers le cosmos externe, Shiki et tout l'équipage de l'Edens Zero font un petit détour par Granbell où ils découvrent que Ziggy est toujours en vie ! Cependant, méconnaissable, ce dernier annonce la suprématie des machines, affirme vouloir prendre le contrôle de l'humanité et attaque soudainement l'Edens Zero. Heureusement, grâce à l'intervention surprise d'Erzy, le pire est évité.

Ziggy parti en quête de Mother à bord de l'Edens One, Shiki décide de le poursuivre... Mais nos héros interplanétaires sont contraints de s'arrêter à la frontière de Cosmos Sakura lorsque leur vaisseau arrive à Dragon Fall...