Le Deep Sea Aquarium Magmell est un lieu public unique au monde où la faune abyssale peut être observée de près. Kôtarô Tenjô, jeune garçon timide, adore les créatures sous-marines depuis son enfance. Sa rencontre avec Minato Osezaki, directeur de l'établissement, va changer sa vie. Il se fait engager en tant que balayeur, pour assouvir sa passion, mais aussi pour retrouver la trace de son père disparu.
En effet, si ce dernier, plongeur expérimenté, lui a transmis sa passion, il semble également avoir été à l'origine de la construction du Magmell avant de disparaître mystérieusement...