2002. Corto s'est épris de la mystérieuse Semira, à la tête d'une bande de trafiquants d'armes bosniaques. Mais le deal prévu entre Serbes et Irakiens tourne au vinaigre lorsque les forces spéciales américaines prennent d'assaut le navire. Rattrappé par la CIA, Corto est emprisonné sur un site secret en pleine Irak occupée, non loin des ruines de Babylone, dans lesquelles reposerait le trésor d'Alexandre le Grand.
Entre Venise, Balkans et mésopotamie, Corto Maltese fuit amour, deuil et vengeance.