2036 : en mission de sauvetage dans la région de Tokyo, les Coppelion sont soudainement attaquées par un mystérieux bombardier furtif. Elles parviennent à le repousser, non sans peine, mais celui-ci fuit vers une zone D, un secteur où la radioactivité est particulièrement forte. Quels sombres secrets l'humanité a-t-elle enfouis dans les décombres de la ville morte ?