Alors que la guerre fait rage dans les îles, les deux membres du commando colonial Robillard et Rivière doivent rejoindre leur base avec des documents confidentiels. L'avion qui les transporte, se fait descendre en plein milieu de l'océan indien. Capturés par un sous-marin allemand, ils vont alors vivre une incroyable aventure qui les conduira jusqu'aux Kerguelen. Appollo et Brüno réinventent à travers Commando Colonial les histoires de guerre et créent un grand classique d'aujourd'hui.