Dans un monde où l'organisation Cobra - célèbre formation antagoniste des G.I. Joe - n'a pas encore vu le jour, les plans sinistres d'un homme pour utiliser la mystérieuse substance extraterrestre connue sous le nom d'Energon provoquent des ondes de choc à travers la galaxie. Qui est Cobra Commander ? D'où vient-il, et quels sont ses plans ? Mais par-dessus tout, quelles horreurs prévoit-il d'abattre sur notre monde ?