Après que Chii a provoqué l'arrêt simultané des PC de tout un quartier, Hideki est troublé. Et, tandis qu'il prend conscience de l'omniprésence des machines autour de lui, les tragédies qui frappent certaines de ses connaissances l'amènent à se questionner sur le bien-fondé de l'humanisation des PC. Cette question l'obsède d'autant plus que Chii s'éveille chaque jour un peu plus. Or, à mesure qu'elle s'humanise et tente de se rapprocher de Hideki, ses étranges facultés se débloquent, ce qui n'échappe pas à la vigilance de deux mystérieux individus.
Pour eux, la traque commence...