Le Bureau de Recherche et de Défense sur le Paranormal a été fondé en 1944, en réaction aux expériences occultes menées par les nazis, puis par les Soviétiques. Sa fonction: surveiller, étudier et circonscrire les événements surnaturels surprenant partout dans le monde. Son agent vedette est Hellboy, dont les enquêtes sont relatées dans la série éponyme, chez le même éditeur. Le B.P.R.D. plonge un peu plus dans la tourmente alors que les Etats-Unis subissent de plein fouet une invasion de grenouilles démoniaques. Hantés par leurs propres démons, Abe Sapien et Liz Sherman ne sont plus que l'ombre d'eux-mêmes. Et en l'absence du leader naturel du B.P.R.D. - Hellboy, certains caractères se révèlent... Dans l'ombre, la Flamme Noire, à la tête d'une nouvelle génération de fanatiques nazis, prépare le réveil d'anciens Dieux.