Hellboy a retrouvé le bureau de Recherche et d'investigation sur le paranormal, afin de l'aider à mener à terme la lutte contre un démon qui souhaite transformer New York en un nouveau Pandemonium. La démone Varvara, qui a réunit ses adeptes pour créer ce nouvel Enfer sur Terre, est traquée par le B. P. R. D. jusqu'à New York. Elle compte bien éliminer les agents qui se dressent sur son chemin.