Après le remariage de son père, Ryô a hérité de trois petits frères. Kento, l'aîné des trois, qui se soucie beaucoup de sa famille, Hayato, le cadet, antipathique mais profondément gentil, et Masato, le benjamin, qui adore se faire gâter par les autres. Tous les quatre vont devoir se serrer les coudes afin de rester une famille unie suite au décès de leurs parents. Mais voilà que Kento se sent troublé par la déclaration d'amour que lui a fait Takeya, le meilleur ami de Masato, et que Ryô s'inquiète de voir Hayato prendre ses distances avec lui. Plus ils prennent conscience de certaines choses, et plus leurs relations vont devenir compliquées.
Bokura no negai revient avec sont lot de joies et de déboires, pour notre plus grand plaisir.