Après des études en architecture, il obtient son diplôme et intègre un cabinet d'architectes à New-York. Après quelques années il retourne au Japon et décide de devenir mangaka. Il se rend donc à la rédaction du magazine Afternoon, de l?éditeur Kodansha. Il fait ses débuts en tant qu'assistant de Tsutomu Takahashi (Jiraishin), avant de proposer son propre titre : Blame !. Outre les influences de sa formation d'architecte, Tsutomu Nihei s'inspire beaucoup de lecture d'auteurs tels Gibson, Sterling, affirmant son attrait pour une science-fiction de type cyberpunk. Visuellement, il avoue une passion pour Giger, le créateur des décors et monstres d'Alien, et un fort attrait pour la bande dessinée franco-belge et des auteurs comme Bilal ouMoebius ainsi que pour nombre de jeux vidéo, tels Halo. Au travers de ses ?uvres Blame !, Abara ou Noise, Tsutomu Nihei se reconnaît aisément par un graphisme ébouriffant de détail et d'ambiance sombre, une construction de page architectural et très libertaire, un encrage heurté et violent, qui sont autant de témoignages de ses influences.
Publié en France, en Espagne, en Allemagne, en Italie, aux USA? il devient vite un auteur international ; Publié en France, qu'il visite par deux fois, lors du festival d'Angoulême 2002, puis lors de Japan Expo 2004. Cet aspect de sa prsonalité prend définitivement corps avec une adaptation du mutant griffu Wolverine, dansl'album SNIKT !, suivi d'une histoire adaptation libre en Graphic Novel, tirée du jeu vidéo Halo.  Aimant à prendre son temps, réfractaire au rythme éditoriaux japonais, Nihei produit peu, mais bien. Il nous revient, aux éditions Glénat, en 2009, avec le très attendu Biomega, une nouvelle aventure de science fiction aux accents bibliques. (Glenat)