En l'an 3005, après sept siècles d'interruption, une mission de recherche est envoyée sur Mars. Arrivés sur les ruines d'une ancienne colonie laissée à l'abandon, les membres d'équipage y rencontrent une femme. Mais, alors qu'ils reviennent sur Terre, leur appareil s'abîme en mer et le corps de l'un d'eux est retrouvé flottant dans l'atmosphère et atteint d'un étrange virus (le N5S), dont il répand des spores à la surface de la planète. Six mois plus tard, sur Terre, l'agent Zoichi Hanoe est envoyé par la Toa Industries sur l'île artificielle de Mil y découvre une population ravagée parle virus. Ce dernier aura d'ailleurs infecté toute la planète d'ici une quinzaine d'heures. Zoichi aura-t-il encore le temps de trouver et protéger des gens immunisés?