Tandis que Jonathan Hawk démasque le traître qui s'est infiltré dans sa cellule, son rétro-sujet El Cakr livre une lutte acharnée aux Templiers pour la possession du sceptre d'Aset. Dans une Égypte troublée par l'assassinat du sultan An Nasir Muhammed, le bâton de la déesse représente un enjeu primordial puisqu'il procure d'importants pouvoirs à celui qui le détient...
Pendant ce temps, à Abstergo, les Templiers font d'étranges découvertes sur un jeune sujet dont les particularités génétiques représentent une nouvelle menace pour les Assassins...