Echappé d Abstergogrâce à Lucy, Desmond s associe aux Assassins dans leur lutte contre les Templiers et il accepte de mettre la mémoire de ses ancêtres au service de leur cause. Trahis par le Patient 13 jaloux de l ascendance de Desmond, les Assassins doivent bientôt fuir leur cachette. Ils quittent alors Rome pour Monterrigioni. Sur la route qui les mène vers le fief historique de ses ancêtres, Desmond effectue plusieurs plongées dans l Animus. Il découvre le passé d Aquilus, un citoyen romain qui luttait déjà contre ceux qu on n appelait alors pas encore les Templiers.


Pendant le voyage vers Monterrigioni, les Assassins tombent dans plusieurs embuscades tendues par des Templiers lourdement armés. Desmond comprend qu un traitre se cache dans l équipe, ce que les autres Assassins ne peuvent pas envisager. Grâce aux souvenirs d Aquilus, Desmond découvre qu un conflit oppose depuis des siècles sa famille à celle d un membre de l équipe. Après avoir réchappé de peu à une nouvelle attaque des Templiers, Desmond démasque le traitre et le tue.


Alors que les Assassins arrivent enfin à Monterrigioni, Desmond se rend compte que les séances répétées dans l Animus sont en train de l affecter durablement. Il risque à terme de se transformer en «quelqu un d autre», mélange des identités et personnalités des ancêtres dont il a exploré le passé.


Mais même s il doit y laisser son âme, il devra très vite retourner dans l Animus. L enjeu est colossal: découvrir où est caché un puissant artefact dérobé à sa famille durant l Antiquité.