"Au secours!" Ce cri d'alarme inscrit sur un grain de riz et déposé par une araignée messagère met Arthur dans tous ses états: "Les Minimoys sont en péril. Il n'y a pas une seconde à perdre!" C'est juste à ce moment-là que son père décide de partir plus tôt que prévu et s'impatiente déjà au volant de sa voiture. Affolé, Arthur a juste le temps de prévenir son grand-père Archibald: peut-être pourra-t-il faire quelque chose à sa place... Mais imaginer Sélénia entre la vie et la mort lui est insupportable. Avec la complicité de son chien Alfred, il va échapper à la surveillance de ses parents et rejoindre en pleine nuit la maison de ses grands-parents. Bientôt minuit: heure fatidique où le rayon de la lune frappera la longue-vue d'Archibald et déclenchera l'ouverture du passage vers le monde des Minimoys. Malheureusement, un nuage glisse de la nuit et s'apprête à cacher la lune...