Dans la cité sacrée d'Abydos, une lueur tranche dans l'obscurité, Enak vient d'ouvrir une boîte contenant les ossements de son fils. Soudain, il est assommé. De mystérieux prêtres sont présents à son réveil. Ils promettent à Enak un remède au mal qui le ronge. En échange, il devra retrouver la cité des Atlantes, ces hommes légendaires au savoir immense. Rejoint par Alix et Tefnout, ils se lancent dans la quête de la mythique Atlantide.
Ensemble, ils devront remonter jusqu'aux sources du Nil pour trouver les portes de la cité engloutie.