Tandis que Néo-Tokyo s'effondre, Kanéda se fait engloutir par le monstre qu'est devenu Tetsuo. Il se retrouve plongé dans la mémoire de l'univers. Soutenue par Miyako et ses mutants, Kay semble être la seule à pouvoir arrêter Tetsuo dans sa mutation destructrice.
Voici donc la fin tant attendue de la saga apocalyptique de Katsuhiro Otomo.