Ses origines mystérieuses, remontant à la guerre civile américaine, et ses capacités singulières font d'Abe Sapien un élément précieux pour le B.P.R.D. (Bureau de Défense et de Recherche sur le Paranormal). Fidèle ami de Hellboy, Abe a gravi les échelons depuis le départ de celui-ci, mais avant cela, il a dû faire ses preuves auprès de ses pairs. Voici sa toute première enquête en solo, au sein du B.P.R.D. Fin du XIXe siècle. Au large de l'île de Saint-Sébastien, Edward Grey, agent spécial au service de la Couronne britannique, terrassait le maléfique Epke Vrooman. 1981, Abe Sapien, nouvelle recrue du B.P.R.D., est envoyé sur place afin de récupérer la dépouille immergée du sorcier, ainsi que la dague antique qui permit à Grey d'occire Vrooman définitivement. Mais à Saint-Sébastien, un étrange culte est à l'oeuvre...