Cette ville futuriste dédiée à la recherche scientifique est principalement peuplée d'étudiants. Intégrés dans un cursus spécial visant à développer leurs pouvoirs psychiques latents, ces derniers apprennent et s'entraînent dans un but précis : devenir de puissants Espers. Seuls sept d'entre eux sont parvenus à atteindre le légendaire niveau 5...

Mikoto "Railgun" Misaka est de ceux-là : élite de la ville, elle possède la maîtrise totale de l'électricité... et un don certain pour trouver les ennuis. En compagnie de ses amies et d'un garçon au pouvoir étrange, elle va se retrouver confrontée aux secrets les plus sombres de la Cité Académique...