Si Tôma espérait prendre un repos bien mérité après la défaite de Sherry Cromwell et le départ de Hyôka, le sort en décide autrement: en rentrant du lycée, il découvre qu'Index a été enlevée! Mais le mystérieux kidnappeur a laissé un message? Il donne rendez-vous au jeune homme à l'extérieur de la Cité Académique, dans un vieux cinéma désaffecté. Bien décidé à tirer la pauvre nonne de ce mauvais pas, Tôma se rend sur les lieux, sans se douter que d'anciennes connaissances l'y attendent de pied ferme?