La première fois que le jeune Takaki rencontre sa camarade Akari, c'est à la rentrée du CM1. Elle vient de déménager à Tokyo et est nouvelle dans l'école. Tous deux sont habitués à changer de ville au gré des mutations professionnelles de leurs parents, ce qui les rapproche immédiatement. Peu à peu, leurs points communs se muent en amitié, puis cette amitié se transforme en amour. Mais leur histoire est interrompue par cette même fatalité : la famille d'Akari est mutée dans le nord du Japon, puis Takaki doit partir pour Tanegashima, une île isolée du sud...
Pourtant, malgré cette distance, le lien qui les unit ne sera pas rompu.